Podobnie jak wszystkie semilskie domy, kościół parafialny, plebania i ratusz z tamtych czasów, również pierwszy kościół na wzgórzu Koštofrank był drewniany. Miał tylko cztery okna i prawdopodobnie osobno stojącą wieżę z jednym dzwonem, odlanym do nowego kościoła na św. Jana Chrzciciela w 1590 r. Kiedy potem, w okresie po bitwie na Białej Górze (1620), katolikom oddano kościół św. Piotra i Pawła, kościółek na Koštofranku przekształcony został w kaplicę i powoli podupadał, nie mając żadnych środków, z których mógłby być utrzymywany. W 1718 r. rada miasta wysłała Jana Kanečka z listem, w którym zwracała się z prośbą o datki na nowy kościół. Mieszczanin ten zasłużył sobie na zaufanie, i również my winniśmy mu szacunek, nie uległ bowiem pokusie i po pewnym czasie wrócił z zebranymi pieniędzmi do domu. W 1723 r. można było zacząć budowę, tym razem użyto innych materiałów budowlanych - bazaltowych ciosów, piaskowca i cegieł. Kościół poświęcono po czterech latach, ale dopiero w 1735 r. został dokończony. Dach pokryty był początkowo gontem, w 1769 r. zastąpiono go bardziej trwałym łupkiem.

Wewnętrzne rozmiary nawy to 11 na 8,75 m. Na pokrytą sklepieniem, opartą o dwie kolumny, kruchtę wchodzi się po kręconych schodach. Również pięciokątne prezbiterium zwieńczone jest sklepieniem. Do prezbiterium dobudowano później po stronie Ewangelii (lewej) zakrystię, a nad nią w 1825 r. oratorium. Dach ozdabia mała wieżyczka z dzwonem.

Początkowo wnętrze kościoła zdobił tylko ołtarz główny św. Jana Chrzciciela i dwa mniejsze ołtarze, później pojawiła się ambona z obrazami ewangelistów, konfesjonały i droga krzyżowa. Na ołtarzu głównym umieszczony był obraz „Chrzest Chrystusa” autorstwa F. Hampischa z 1761 r., za nim fresk „Głowa św. Jana Chrzciciela w więzieniu”, nad nim z kolei herb hrabiowski Caretto-Millesimów i obraz Boga Ojca. Strop prezbiterium zdobi malowidło „Kazanie Jana Chrzciciela do narodów”. Na ołtarzach bocznych znajdziemy dobre, ale dziś bardzo już zniszczone, obrazy św. Wacłąwa i św. Prokopa, na XVIII w. możemy datować jeszcze obraz Matki Boskiej Różańcowej i obraz św. Barbary. Do dziś dekoracje w kościele są skromne, kościół był biedny i jako „młodszy brat” kościoła parafialnego musiał czekać, aż gdzie indziej nie będą czegoś potrzebować. W 1851 r. książę Kamil Rohan wyraził zgodę na przeniesienie ołtarza z kaplicy św. Jana Nepomucena w semilskim pałacu, wynajętym wtedy już urzędom państwowym, do koštofranskiego kościoła filialnego, jak mówiono na niego już w latach 30. XIX w.