V srpnu roku 1680 vypukla v Liberci epidemie moru, která si vyžádala na 300 obětí. Pro tak velký počet zemřelých brzy přestal dostačovat městský hřbitov u kostela sv. Antonína a proto bylo vybudováno nové pohřebiště a při něm pak roku 1696 menší kostel. Autorem byl pražský stavitel italského původu M.A. Canevalle, který symbolicky zvolil půdorys ve tvaru kříže, neboť právě sv. Kříži byl kostel zasvěcen. Pod vedením stavitele J.J.Kuntze proběhla v letech 1753-1756 rozsáhlá přestavba, po které kostel vzhledově připomíná chrám v Hejnicích a představuje nejcennější barokní stavbu Liberce.

Zajímavá je jistě i skutečnost, že právě v kostele sv. Kříže byla roku 1759 zřízena první veřejná knihovna v Liberci. Zásluhu na tom měl především Anton Kopsch, který také financoval bohatou výzdobu kostela. Cenná umělecká díla zde zůstala zachována až do dnešních dnů, nejvzácnější z nich je soška Matky Boží, jež se může pochlubit také zajímavou historií.

Samotný kostel je jistě mistrovským dílem, ovšem i jeho okolí zdobí vzácné památky. V zahradě kostela je totiž umístěn morový sloup z dílny slavného sochaře M. B. Brauna, kolem něj je křížová cesta s obrazy J. Führicha - rodáka z nedaleké Chrastavy a pozoruhodná je i kaple Božího hrobu, která je kopií kaple stojící uprostřed chrámu Božího hrobu v Jeruzalémě.