Po požáru města v roce 1469 byl kostel pozdně goticky přestavěn. V roce 1675 byl pořízen v lodi kostela kazetový strop  a roku 1697 daroval kostelu hrabě Vilém Kounic krásný hlavní oltář, který zde stojí dodnes. Koncem 19. století byl kostel velmi zchátralý a uvažovalo se o jeho zbourání. Naštěstí po podrobném průzkumu a zhodnocení památkovými konzervátory a Josefem Mockerem (stavitelem svatovítského dómu v Praze) došlo k přehodnocení názoru a roku 1896 byly pod Mockerovým vedením započaty důkladné opravy.

Na vnějších zdech kostela je možno spatřit některá kamenická díla. Najdete zde erby Jindřicha Berky z Dubé a jeho manželky Alžběty z Kunštátu, sestry Jiřího z Poděbrad, či barokní měšťanský epitaf z roku 1646.

 Část vnitřního zařízení byla získána z kostela sv. Mikuláše na Starém Městě pražském (např. chórové lavice v presbytáři, zdobené napodobeninami děl Albrechta Dürera). Kromě hlavního oltáře z roku 1697 jsou v lodi kostela umístěny ještě další tři (Narození Páně, sv. Aloise a sv. Anny).

(Informace čerpány z publikace Kostely v České Lípě, autoři: Jaroslav Panáček, Michal Panáček, vydáno r. 2013)