Původní dřevěný farní kostel stával v Sobotce již ve 14. století. V letech 1590 - 96 byl na jeho místě postaven nový kostel Maří Madaleny v pozdně gotickém slohu. Stavbu financoval majitel panství Oldřich Felix z Lobkovic, který kostelu věnoval stříbrnou pozdně gotickou monstranci a iluminovaný graduál, bohatě zdobenou knihu liturgických zpěvů.

V druhé polovině 19. století byly zbourány kaple a byla snížena věž. Interiér kostela je pozdně barokní. Na hlavním oltáři je obraz sv. Maří Magdaleny, po jeho stranách stojí sochy sv. Václava a sv. Anny. Interiér kostela zdobí také kazatelna se sochami čtyř evangelistů, Krista Vítězného a reliéfem Posledního soudu. Rokokové varhany z roku 1748 s bohatou figurální výzdobou jsou stále funkční.

Zajímavost:
Na stěně presbytáře jsou umístěny tři náhrobky lobkovických dětí, kterými se později nechal inspirovat sochař Otto Guttfreund při vytváření známého sousoší Babička s vnoučaty, které se nachází v Ratibořicích.